Was ich dir spontan beantworten kann ist, dass es hinsichtlich API Deklarationen Unterschiede gibt (falls du davon welche nutzt). Die Deklarationen müssen für 32bit und 64bit getrennt angegeben werden.
Es gibt diverse Performance-Unterschiede zwischen einzelnen Excel-Versionen. Manche Funktionen innerhalb dieser laufen langsamer ab, als in der früheren Version - das ist ein Problem seitens Microsoft. Mir fällt gerade keine Anlaufstelle dafür ein um diesbezüglich nachzusehen, man kann die Übeltäter aber auch selbst systematisch eingrenzen.
Eine erste Anlaufstelle ist dennoch immer zu schauen/messen in welchen Routinen sich die größten Laufzeiten auftun und zu überlegen, wie man diese durch Optimierung minimieren kann. In deutlich über 50% der Fälle kann man hierdurch allein schon eine gehörige Verbesserung erziehlen. Das liegt vorallem daran, weil einem die optimalen Lösungen nie direkt zufliegen, sondern man für soetwas immer eine extra Kanne Kaffee und gesondert viel Hirnschmalz aufbringen muss.
Da es sich um ein umfangreiches Projekt handelt, wird man dir wohl schlecht weiterhelfen können. Wenn du es selbst nicht schaffst, dann bleibt dir nur der Weg zu einem Dienstleister der VBA mit im Angebot hat (Suchmaschine deines Vertrauns anwerfen).
PS: 64bit heißt nicht automatisch "schneller". ;)
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