So meine vermeintliche Lösung war es die komplette Routine einfach umzudrehen in der Hoffnung er könnte dann nicht  "zurückspringen", da die tatsächlich erfüllte Bedingung vor der fälschlicherweise ausgeführten Bedingung erfragt wird. Funktioniert allerdings genauso nicht, nur eben andersherum. :D
wenn beispielweise die erste und die vierte Zelle denselben Wert haben, fragt er mich nach der ersten Zelle schon ob ich die Daten übernehmen möchte, weil er sie für die vierte hält.

Hier mein Code ->

Private Sub Enter()
    
    Application.ScreenUpdating = False
    
    '# Prüfe ob aktuell im Terminal und gehe zu nächster Position.
        
    If ActiveCell = Range("G40") Then
    
        Range("I34:L34").Select
        
        Answer = MsgBox("Änderungen für Auswahl übernehmen?", vbYesNo, "Änderungen übernehmen")
        If Answer = vbYes Then
            Dateisystem.Speichern
        Else
            Range(Range("C36").Value).Select
        End If
        
    ElseIf ActiveCell = Range("G39") Then
    
        Range("G40").Select
        SendKeys "{F2}", True
        SendKeys "+(^{LEFT})"
        
    ElseIf ActiveCell = Range("D40") Then
    
        If Range("AB1").Value = True Then
        
            Range("I34:L34").Select
        
            Answer = MsgBox("Änderungen für Auswahl übernehmen?", vbYesNo, "Änderungen übernehmen")
            If Answer = vbYes Then
                Dateisystem.Speichern
            Else
                Range(Range("C36").Value).Select
            End If
            
        Else
        
            Range("G39").Select
            SendKeys "{F2}", True
            SendKeys "+(^{LEFT})"
            
        End If
        
    ElseIf ActiveCell = Range("D39") Then
    
        Range("D40").Select
        SendKeys "{F2}", True
        SendKeys "+(^{LEFT})"
        
    Else
    
        '# Prüfe ob Auswahl ein Kalendertag ist.
    
        If CheckError.IsError(Selection) Then Exit Sub
        
        ActiveSheet.Unprotect Password:="0444786400"
        
        With Selection
            .Font.ThemeColor = xlThemeColorDark1
            .Font.TintAndShade = 0
            .Borders(xlEdgeLeft).Weight = xlThick
            .Borders(xlEdgeRight).Weight = xlThick
            .Borders(xlEdgeTop).Weight = xlThick
            .Borders(xlEdgeBottom).Weight = xlThick
        End With
            
        ActiveSheet.Protect DrawingObjects:=True, Contents:=True, Scenarios:=True, Password:="0444786400"
            
        '# Gehe zu Preisfeld und markiere Inhalt.
            
        Range("D39").Select
        SendKeys "{F2}", True
        SendKeys "+(^{LEFT})"
            
    End If
        
End Sub